今まで同じものだと思ってた。 ( WindowsIdentity と IPrincipal の違いは置いといて。)
それぞれ違うユーザー情報を返してきた時は驚いた。

・WindowsIdentity クラス (System.Security.Principal) の GetCurrent メソッド
現在実行中の Win32 スレッドのセキュリティ コンテキストの ID 情報を返します。

・Thread クラス (System.Threading) の CurrentPrincipal プロパティ
Win32 スレッドの上位で、現在実行されている .NET スレッドのプリンシパルを返します。


なるほど、型の違いと、Thread.CurrentPrincipal だけが設定可能なのはこういう理由か。


[ 参考 ]
ASP.NET ID マトリックス
.NET Framework のユーザー操作の基礎